Célkitűzései között a legáltalánosabb és a legfontosabb az, hogy érvényesítse a protestáns Isten – ember kapcsolatot, valamint az istentisztelet és az emberszolgálat ebből fakadó kapcsolatát. Ennek lényege a közvetlen személyes kapcsolat Istennel, illetve felelősség Isten előtt. Az Alapítvány szervezői úgy érezték, hogy az erőltetett közösségi/kollektív/szocialista életszemlélet után fontos emlékeztetni az egyént és a közösséget, hogy egyéni tevékenységének minősége és egyéni felelőssége a legfontosabb értékek közé tartozik. Ez az alapja a magántulajdonnak, a helyi közösségi önkormányzatiságnak, az elszámoltathatóságnak, az átláthatóságnak, összefoglalva a polgári demokratikus társadalmi életnek. Ennek a kialakulásában történetileg különösen is élen jártak a protestáns országok, például Svájc, Hollandia, Skócia, USA. Ebből a pillérből az is világossá lesz, hogy a protestáns felfogás szerint a hívő embernek a hite nem öncél és nem magánügy, hanem azzal az egész társadalom javát hivatott szolgálni. Csak úgy töltheti be önérdekét, ha ezt harmonizálni tudja a körülötte lévő kisebb vagy nagyobb közösségek érdekeivel. Az Alapítvány ezt a szellemiséget hivatott megvalósítani, az ebből származó gyümölcstermést elősegíteni.
Az Alapítvány korra, nemre sőt felekezetre vagy vallási elkötelezettségre tekintet nélkül kívánja a fenti célt szolgálni. Legfontosabb partnere mégis a helyi Református Egyházközség és az Önkormányzat.
SZJA 1 %-os felajánlásokat gyűjt, s ezzel nevezett Egyházközséget és annak missziós partnereit igyekszik támogatni. A Dunavarsányban immáron felépült Soli Deo Gloria Közösségi Ház beruházását, fenntartását és a benne zajló sokféle tevékenységet kívánja elősegíteni. A protestáns értékek képviselőjeként szervezi vagy felkarolja azokat az ünnepségeket, kulturális rendezvényeket, amelyek nyilvánvalóan a számára legfontosabb értékeket hordozzák. Például Ady Endre, Kálvin János, Wass Albert, Kölcsey Ferenc, Arany János szellemi hagyatékai.
Az Isten Szolgálatában Református Missziói Alapítvány az Isten - és emberszolgálat elválaszthatatlanságának tipikusan kálvinista felfogása szerint a felelős, vállalkozó szellemű, józan gondolkodású és közösségépítő embertípus erősítését kívánja szolgálni dunavarsányi székhellyel, de minden geográfiai és egyéb korláttól mentesen.
Az elmúlt években Alapítványunk a Civil Információs Centrum címpályázatának nyertese, s ebben a minőségében Pest megye közel 10.000 civil szervezetét hivatott jogi, pénzügyi, pályázati, adminisztratív és PR tanácsolással segíteni.